Les réformes religieuses en Europe entre les XVIe et XVIIIe siècles ont été principalement marquées par la Réforme protestante et la réaction catholique connue sous le nom de Contre-Réforme. La Réforme protestante, initiée par Martin Luther avec ses 95 thèses en 1517, critique les abus et les pratiques de l'Église catholique romaine telles que la vente des indulgences. Ce mouvement a introduit une diversité de courants religieux, notamment le luthéranisme, le calvinisme, et l'anglicanisme. La Contre-Réforme quant à elle, orchestrée par l'Église catholique lors du Concile de Trente (1545-1563), visait à réformer les pratiques internes et à renforcer les doctrines catholiques face à la croissance du protestantisme.

Les réformes religieuses ont profondément affecté le tissu social et politique des sociétés européennes. Le pouvoir des monarques s'est vu perturbé par les divisions religieuses au sein de leurs royaumes. Par exemple, en France, les guerres de religion entre catholiques et huguenots ont conduit à des décennies de conflits jusqu'à l'Édit de Nantes en 1598 qui a tenté de pacifier le pays en accordant des droits limités aux protestants. En Angleterre, la création de l'Église anglicane sous Henri VIII a été motivée par des considérations politiques autant que religieuses, redéfinissant ainsi la relation entre la religion et l'État.

Le XVIe et XVIIe siècles ont été marqués par des conflits violents souvent qualifiés de guerres de religion. Les principautés allemandes, les Pays-Bas, la France, et l’Angleterre ont été théâtres d'affrontements entre les différentes confessions. Les rivalités ont souvent été exacerbées par des enjeux politiques, les souverains utilisant la religion comme un outil de pouvoir. Le massacre de la Saint-Barthélemy en 1572 en France est l'exemple tragique de cette violence, où des milliers de protestants furent tués. À long terme, l'intolérance religieuse a conduit à des mouvements en faveur de la tolérance religieuse, culminant dans certains pays par l'acceptation plus large des diverses pratiques religieuses.

Les institutions religieuses ont joué un rôle crucial dans les réformes et les conflits religieux. Le Vatican a mené des campagnes agressives pour conserver son influence, qui a été réduite par les progrès du protestantisme. Simultanément, les royaumes protestants ont vu émerger de nouvelles structures ecclésiastiques souvent en lien étroit avec le pouvoir politique, comme le modèle calviniste à Genève. Les gouvernements ont instrumentalisé les tensions religieuses pour renforcer ou consolider leur souveraineté, conduisant des politiques tantôt d'opposition, tantôt d'apaisement vis-à-vis des minorités religieuses.

Les réformes religieuses et les conflits qui en ont découlé ont façonné le paysage religieux et politique de l'Europe de façon durable. Elles ont donné naissance à une pluralité religieuse qui a remis en question l'homogénéité religieuse et a progressivement amené à l'idée moderne de la liberté de conscience. Ces événements ont également catalysé des changements politiques, renforçant le pouvoir central dans certains cas, menant au principe de la souveraineté étatique. Les traités comme la Paix de Westphalie en 1648 ont entériné la reconfiguration politique de l'Europe en reconnaissant le principe de non-ingérence dans les affaires religieuses d'un État, posant ainsi les bases de l'Europe moderne.