Définition
Acide aminé
Les acides aminés sont les composés organiques qui combinent un groupe amine (-NH2), un groupe carboxyle (-COOH), et une chaine latérale spécifique à chaque acide aminé.
Nomenclature
La nomenclature est un système de noms ou de termes, ou les règles pour former ces noms en un champ déterminé.
Nomenclature des acides aminés standards
Il existe 20 acides aminés standards qui entrent dans la composition des protéines. Chacun a un nom et un symbole à une lettre et à trois lettres qui permettent de les identifier facilement. Ces symboles sont utilisés dans les séquences peptidiques et dans les représentations des structures des protéines. Voici quelques exemples : Alanine (A, Ala), Glycine (G, Gly), Phenylalanine (F, Phe).
Classification des acides aminés
Les acides aminés peuvent être classés selon la polarité de leur chaîne latérale en plusieurs catégories : non polaires, polaires non chargés, acides, ou basiques. Par exemple, les acides aminés non polaires comme la tryptophane et la leucine ont des chaînes latérales qui n'interagissent pas bien avec l'eau ou les charges électriques. Les acides aminés polaires, tels que la sérine, réagissent par contre électronégativement ou électronégativement.
Nomenclature systématique
La nomenclature systématique utilise le nom de la structure chimique. Elle prend en compte le groupe chiral, la chaîne latérale, la position du groupe amino ou carboxyle. Par exemple, l'alanine porte le nom systématique acide 2-aminopropanoïque. Cependant, ce type de nomenclature est rarement utilisé dans un contexte biologique où la nomenclature triviale prédomine.
Nomenclature triviale
La nomenclature triviale est la plus utilisée en biochimie en raison de sa simplicité. Il s'agit de noms historiques ou dérivés, tels que Glycine, Alanine, ou Valine, qui ne donnent pas d'indication directe sur la structure chimique mais sont bien établis dans la science.
L'importance de la nomenclature
La nomenclature des acides aminés joue un rôle crucial en biochimie et en biologie moléculaire. Elle standardise la communication scientifique, facilite l'étude et l'enseignement des structures protéiques. Les noms permettent une représentation concise et précise des longues chaînes polypeptidiques dans les publications scientifiques.
A retenir :
Les acides aminés sont des éléments fondamentaux dans la composition des protéines, chacun possédant une structure unique déterminée par sa chaîne latérale. La nomenclature des acides aminés, avec des systèmes standardisés et des abréviations, permet une identification rapide et une communication efficace. La classification selon la polarité et la structure chimique facilite une meilleure compréhension de leurs propriétés dans divers contextes biologiques.
