On distingue 3 catégories d'eADN:
- L'ADN intracellulaire: encore dans les cellules il faudra hydrolysé la cellule pour y avoir accès
- L'ADN dissout: l'ADN dissous dans l'eau est directement accessible mais beaucoup plus exposé à la dégradation.
- L'ADN adsorbé: c'est de l'ADN fixé à des particules tel que l'argile, il faudra le séparé de ces molécules pour y avoir accès.
L'ADN peut passé d'une forme à l'autre: la membrane peut se percé dissolvant l'ADN, l'ADN peut se fixer et se séparé de particules etc.
L’ADN qui est prélevé c’est pas celui qui est produit, l’ADN va subir des processus de dégradation (tps, T°C, stress oxydatif présence abs d’O2 donc surface profondeur, UV, bactérie qui peuvent dégrader les mol d’ADN, …) et le transport entre le lieu de prod et le lieu de collecte.
L'ADN subit principalement 2 transformations lors de la dégradation:
- La dépurination: souvent il y a une délétion des purine (A ou G) ce qui créer un site abasique ce qui fragilise l’ADN et qui casse la molécules. Cette cassure expose les bases au milieu
- La désamination des cytosine (C): quand une cytosine est exposé à l’environnement il y a une excisions de l’amine ce qui transforme en uracile (U). Or le U est proche de T donc dans le séquençage il peut y avoir de fausse mutations modifiant le résultat. Pour contré cette effet on fait une comparaison avec un ADN de référence, on observe alors que les U en C s’observe de manière générale dans les extrémité des séquences. Si c’était des mutations les changements serais stable sur toute les zones de la séquence. Il est donc préférable de regarder seulement les transversion (purine-purine ou pyrimidine-pyrimidine, mutation dans le même groupe) et non les transitions (purine-pyrimidine, mutation entre les groupes).
