Les champignons vivent à l'extérieur des cellules, l'immunité innée est donc primordiale. La phagocytose par les monocytes et PNN est essentielle, le complément va venir en aide au système immunitaire par la voie alterne et lectine. Il est important de noter qu'un déficit en PMN va permettre l'émergence des champignons.
La réponse adaptative va être menée par le TH17 pour recruter les polynucléaires et le TH1 qui a une composante cytotoxique. Le déficit immunitaire en LT majore les risques d'infection fongique.