Le 1er septembre 1939, l'Allemagne envahit la Pologne, ce qui pousse la France et le Royaume-Uni à déclarer la guerre le 3 septembre. L'armée allemande mène une Blitzkrieg, une guerre éclair qui perfore rapidement les lignes de défense françaises, notamment en contournant la ligne Maginot, pourtant construite pour empêcher une invasion. Pendant la drôle de guerre (septembre-mai 1940), les combats directs sont limités, mais la tension est présente, sans pour autant qu’une offensive majeure n’ait lieu. Le 22 juin 1941, Hitler lance l'opération Barbarossa, une invasion massive de l'URSS. Cette attaque rapide se solde par des victoires allemandes initiales, mais la guerre se stabilise à Stalingrad. Après huit mois de siège, les Soviétiques remportent une victoire décisive, marquant un tournant dans la guerre sur le front de l'Est.

Le 17 juin 1940, le maréchal Pétain demande l’armistice avec l’Allemagne, qui est signé le 22 juin à Rethondes. Le pays est alors divisé, avec une zone libre au sud et une zone occupée au nord. Pendant ce temps, le général de Gaulle, réfugié à Londres, lance son appel à la résistance le 18 juin, appelant les Français à rejoindre la France Libre. Ce message, bien que peu entendu au début, trouve un écho croissant. Le régime de Vichy, dirigé par Pétain, instaure une politique de collaboration avec l’Allemagne, notamment avec la rencontre symbolique entre Pétain et Hitler à Montoire en octobre 1940. La Milice, une force paramilitaire créée par Vichy, traque sans relâche les Juifs, ainsi que les résistants, dont beaucoup sont exécutés, notamment les communistes. Sur le terrain, la résistance intérieure s’organise dans des maquis, avec des actions de sabotage, des attentats et la diffusion de tracts appelant à la révolte contre l’occupant

La guerre est marquée par des violences inédites, particulièrement en Europe de l'Est. Les Einsatzgruppen, unités spéciales de la SS, sont chargées de l'extermination des populations juives, des communistes et des Polonais sur le front de l’Est, faisant des millions de victimes. L'URSS, quant à elle, commet des massacres, comme le massacre des officiers polonais à Katyn en 1940, qu’elle attribue faussement aux Allemands. En Europe occupée, les nazis mettent en place un véritable génocide avec l'extermination de 6 millions de Juifs, dont un million à Auschwitz, et persécutent également d'autres groupes, comme les Tsiganes, les homosexuels et les handicapés. En parallèle, les Japonais, en Chine et dans le Pacifique, commettent des atrocités similaires, notamment le massacre de Nankin en 1937, où des centaines de milliers de civils sont tués, violés et mutilés. Dans les territoires occupés, la brutalité des forces japonaises, avec des massacres et la famine, cause la mort de millions de personnes, notamment en Corée, aux Philippines et en Indonésie.