Soi : il accepte tout ce qui appartient à l'organisme qu'il défend (identité biologique)
Non-soi : il détruit tout ce qui lui est étranger
Chez l'homme, les marqueurs du soi sont différents sur les cellules nucléées et sur les hématies (cellules sans noyau). Sur les cellules nucléées, on trouve les marqueurs du système CMH (complexe majeur d'histocompatibilité) et, sur les hématies, les marqueurs des systèmes ABO et rhésus (groupes sanguins)
Le système CMH (complexe majeur d'histocompatibilité) ou HLA (human leucocyte antigen) est reconnu sur les leucocytes et il annonce l'incompatibilité tissulaires survenant chez un individu lors d'une greffe
Les gènes codant pour les molécules du système CMH sont regroupés sur les chromosomes 6 en six loci (emplacements) principaux (A, B, C, DP, DR et DQ) comportant chacun un grand nombre d'allèles (gènes exerçant la même fonction mais de manière différente)
La combinaison des protéines codées par les gènes CMH est caractéristiques de chaque individu; elles forment la carte d'identité immunologique de la personne
Les groupes A, B, AB et O correspondent à des marqueurs différents localisés sur les hématies
Chaque groupe sanguin est caractérisé :
- par la présence ou l'absence à la surface des hématies d'un ou de deux marqueurs , antigènes A, B
- par la présence ou l'absence dans le plasma d'anticorps (anticorps anti-A, anticorps anti-B) appelés également "agglutinines" et apparaissent dans les trois à six premiers mois de vie

Le système rhésus est le second système antigénique attaché aux hématies
Il existe 47 molécules antigéniques différentes, ou marqueurs rhésus, de nature protéique
Parmi ses 47 marqueurs, 5 jouent un rôle important en transfusion :
- l'antigène D appelé "antigène rhésus standard : le rhésus positif ou négatif est toujours donné par rapport à l'antigène D. Par exemple, un sujet du groupe A et porteur de l'antigène D sera A+, un sujet du groupe A non porteur de l'antigène D sera A-
- les antigènes C, c, E, e

Un antigène ou immunogène est toute substance qui peut être reconnue par le système immunitaire
Lorsqu'il est introduit dans un organisme qui ne le possédait pas, un antigène provoque la stimulation des cellules immunocompétentes et la formation d'anticorps spécifiques ave lesquels il se combinera de manière élective
Les haptènes sont des substances chimiques bien définies qui ne sont pas immunogènes par elles-mêmes mais qui le deviennent après avoir été fixées à une molécule "porteuse"
En l'absence de molécule porteuse, un haptène peut réagir spécifiquement avec les anticorps dont il a permis la formation
On appelle "site antigénique" ou "déterminant génétique" ou "épitope" la fraction de la molécule qui sera reconnue comme spécifique par un lymphocyte ou par un anticorps
Il y aura combinaison entre ce déterminant antigénique et l'anticorps ou le lymphocyte
Le non-soi est aussi le soi modifié par l'environnement comme par exemple les cellules cancéreuses, les cellules subissant des mutations et cellules mortes ou altérées